Şəmkir rayonunda 65 tam orta və 13 ümumi orta məktəb olmaqla ümumilikdə 78 ümumtəhsil məktəbi fəaliyyət göstərir.
Bu məktəblərdən 9 -u şəhərdə, 8 -i qəsəblərdə, 61-i isə kəndlərdə yerləşir. Rayonda bir məktəbdə - C. Rüstəmov adına şəhər tam orta məktəbində rus bölməsi fəaliyyət göstərir. Rayon ümumtəhsil məktəblərində 34142 şagird ümumi qaydada, 79 şagird fərdi qaydada, 135 nəfər xüsusi qayğıya ehtiyacı olan şagird isə ev şəraitində fərdi təhsil almaqdadır.
2016/2017-ci tədris ilində Şəmkir rayon Natiq Süleymanov adına Çinarlı qəsəbə tam orta məktəbin şagirdi Zülfüqarov Orxan Əzim oğlu ali məktəblərə keçirilən qəbul imtahanlarında rayon tarixində ilk dəfə olaraq IV ixtisas qrupu üzrə 700 bal toplamışdır. Rayonda xüsusi qayğıya ehtiyacı olan şagirdlərin təhsil şəraitinin yaxşılaşdırılması üçün 2015-ci ilin oktyabr ayında Şəmkir şəhər Nizami Gəncəvi adına şəhər tam orta məktəbin nəzdində 50 şagird yerlik “Distant“ təhsil mərkəzi yaradılmışdır. Bu məqsədlə məktəbdə 3 sinif otağı ayrılmış, mərkəz zəruri avadanlıqlar, informasiya və kommunikasiya texnologiyaları ilə təchiz edilmiş, yüksək ötürücülük gücünə malik optik kabel vasitəsilə internet şəbəkəsinə qoşulmuşdur. Distant təhsilə cəlb olunan hər bir şagirdə Təhsil Nazirliyi tərəfindən noutbuk verilmiş, onlar ödənişsiz internetlə təmin olunmuşlar. Onların təhsili ilə xüsusi təlim kurslarından keçmiş 22 nəfər müəllim məşğul olmuşdur. 2017/2018-ci tədris ilindən etibarən “Distant“ təhsil mərkəzi genişləndirilərək şagird sayının 100 nəfərə çatdırılması planlaşdırılır.
Bundan əlavə Təhsil Nazirliyinin 02 avqust 2017-ci il tarixli 233 nömrəli əmrinə əsasən, rayon 1nömrəli Uşaq-Gənclər İdman Məktəbi, 2 nömrəli Uşaq-Gənclər İdman Məktəbi və Uşaq Gənclər Şahmat Məktəbi birləşdirilərək onların bazasında Şəmkir rayon Uşaq-Gənclər İdman-Şahmat Məktəbi yaradılmışdır. Eyni zamanda rayon Ekoloji Tərbiyə və Təcrübəçilik Mərkəzi, rayon Texniki Yaradıcılıq Mərkəzi və rayon Uşaq Yaradıcılıq Mərkəzi birləşdirilərək onların bazasında Şəmkir rayon Uşaq-Gənclər inkişaf Mərkəzi yaradılmışdır.
Şəmkir rayonunda həmçinin şagirdlərin peşə ixtisaslarına yiyələnməsi üçün 1966-cil ildən etibarən 1200 şagird yerlik Şəmkir Peşə Liseyi fəaliyyət göstərir. Lisey ikimərtəbəli tədris binasından, istehsalat təlimi binasından, 390 nəfərlik akt zalından və 5 mərtəbəli yataqxanadan ibarətdir. Hazırda məktəbin birinci kursunda 100, ikinci kursunda – 60, üçüncü kursunda isə 80 şagird təhsil alır.
Rayonda həmçinin Bakı Oksford məktəbinin Şəmkir filialı fəaliyyət göstərir. 2010-cu ilin noyabrında fəaliyyətə başlamış məktəbdə təhsil məktəbəqədər hazırlıq, ibtidai siniflər, ümumi və tam orta məktəb mərhələləri üzrə keçirilir. Bununla yanaşı, təhsil ocağında beynəlxalq iki illik “A-level” proqramları keçirilir. Bu proqramları bitirən şagirdlər beynəlxalq imtahanlarda müsbət qiymətlər aldıqda Britaniyanın müxtəlif universitetlərinə daxil ola bilərlər. Məktəbin məzunları Azərbaycan Respublikasının attestatı ilə yanaşı, Kembric Universitetinin orta təhsil haqqında sertifikatını da əldə edirlər. Məktəbdə tədris ingilis dilində aparılır. Məktəbin yataqxanasının sahəsi 4 min kvadratmetrdir. Burada 90 şagird və müəllimlərin qalması üçün lazımi şərait yaradılıb. Həmçinin elektron kitabxana, idmanla məşğul olmaq üçün müxtəlif qurğular, art-studiya və kino zalı fəaliyyət göstərir.